Китай
Глава МИД Японии Таро Асо выступил с шокирующим заявлением о том, что Китай является источником угрозы для Японии, усугубив и так холодные отношения между Китаем и Японией.

КНДР
В ноябре 2004 года в Пхеньяне в течение недели проходил решающий раунд переговоров между КНДР и Японией по вопросу о японских гражданах, похищенных в 1970-1980-е годы северокорейской разведкой. К этому моменту КНДР освободила пять похищенных и членов их семей. Ранее Ким Чен Ир признал, что всего похищенных было 13 человек, но судьба остальных неизвестна. Япония обвиняет КНДР в нежелании раскрыть информацию об их судьбе и выдать их в случае, если они ещё живы. Всё, что японцы смогли получить в ходе переговоров, — это семь контейнеров с личными вещами и документами похищенных.
В декабре 2004 года общественное мнение Японии высказывается за введение санкций в связи со скандалом вокруг праха, переданного Токио в ноябре северокорейскими властями. ДНК-анализ останков показал, что они принадлежали не японской девочке Мэгуми Ёкоте, похищенной в 1977 году спецслужбами КНДР, а двум другим людям, не входившим в число похищенных японцев.
10 декабря парламент Японии призвал правительство рассмотреть вопрос о применении к КНДР экономических санкций. В качестве первого шага правительство приняло решение прекратить оказание КНДР продовольственной помощи. А в парламенте активизировалось обсуждение вопроса о санкциях, которые могут предусматривать закрытие японских портов для северокорейских судов, запрет на перевод в КНДР средств от проживающих в Японии корейцев и др.
Несомненно, что Пхеньян может использовать введение санкций как предлог не продолжать шестисторонние переговоры по северокорейской ядерной проблеме или потребовать исключения Японии из числа их участников.

Россия
14 декабря 2004 года министр обороны США Дональд Рамсфельд выразил готовность посодействовать Японии в разрешении спора с Россией по поводу южных Курил. Это можно рассматривать как компенсацию за готовность Японии отказаться от ввода против КНДР экономических санкций, способных сорвать переговоры по северокорейской ядерной проблеме, или как отказ США от нейтралитета в японско-российском территориальном споре.
В начале октября 2006 года японская торгово-инвестиционная корпорация «Mitsui» подписала соглашение с российским «Техснабэкспортом» о совместной реализации проекта по разработке технико-экономического обоснования по освоению одного из участков зоны «Южная» Эльконского уранового района в Якутии. Общая сумма инвестиций в проект составит около 245 млн долларов. 6 млн долларов будет направлено на разработку технико-экономического обоснования проекта, японской стороне будет принадлежать 25 % в проекте. Полная производственная мощность, выход на которую ожидается к 2015 году, составит 1 тыс. тонн U3O8 в год, первые поставки запланированы на 2009 год.
Премьер-министр Японии Ясуо Фукуда выразил намерение развивать двусторонние отношения с Россией, в то же время решая проблему Курильских островов. Об этом он заявил 1 октября 2007 г. в парламенте, где выступал с программной речью. Фукуда обозначил приоритеты внешней политики Японии. По словам премьера, его правительство продолжит курс японских властей, направленный на развитие экономических связей с Россией. При этом Токио продолжит попытки решить проблему Курильских островов, называемых в Японии «северными территориями». Японская сторона выдвигает претензии на южные Курильские острова — Кунашир, Итуруп и Малую Курильскую гряду, мотивируя их ссылками на российско-японский Трактат о торговле и границах 1855 г., по которому указанные острова были признаны японскими. Эта территория стала российской после Второй мировой войны на основе достигнутых международных договоренностей. Передачу этих островов Япония воспринимает как первое и обязательное условие заключения мирного договора с Россией — формально две страны до сих пор находятся в состоянии войны.